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勝手な残業でも残業代は支払うのか?「黙認」が残業代請求につながる理由と対策

掲載日2026年10月27日

最終更新日2026年10月27日

勝手な残業でも残業代は支払うのか?「黙認」が残業代請求につながる理由と対策

目次

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「業務を指示していないのに残っている」、そのような残業を放置するのは危険です。会社が残業を命じていなくても、上司が知りながら止めなかった場合は、後から残業代を請求されたときに「指示していない」という主張が認められないことがあります。

「社員が勝手にやっていること」「仕事熱心だから任せている」。こうした理由で、終業後の居残りや持ち帰りの仕事を見過ごしている職場は少なくありません。ところが、労働時間にあたるかどうかは、会社が命じたかどうかだけでは決まりません。実態から客観的に判断されます。経営者や人事担当者、そして部下を指導する管理職の方にとって、放置と黙認の境目を知っておくことは、後から請求を受けて慌てないための備えになります。

本コラムでは、放置がどこから「黙認」と評価されるのかを、判例や裁判例を手がかりに整理します。あわせて、事前に押さえておきたい知識と運用のヒントを紹介します。対象は、通常の労働時間制で働く社員の所定時間外の勤務です。管理監督者とみなし労働時間制の社員は含みません。

実際に起きているあるあるパターン

実際に起きているあるあるパターン

次のような場面に、心当たりはないでしょうか。

終業後の居残り、見て見ぬふりのまま続く黙認

上司は部下が毎日遅くまで残っていることに気づいていますが、「熱心だから」と声をかけません。上司は「指示はしていない」と考え、部下は「黙認されている」と受け止めています。この認識のずれが、後からの請求につながります。

「自己研鑽」と称した居残り

社員は勉強のつもりで残っていても、実際には担当業務の資料作成や翌日の準備が混ざっていることがあります。業務との線引きがあいまいなまま放置され、後から「あれは業務だった」と争われる場合があります。

申請なしの残業が当たり前になった承認制

残業は事前に申請して承認を受けるルールになっていても、申請せずに残る人が多く、上司も注意をしないまま運用が続いている職場があります。上司は自分の仕事に追われ、気にはなりつつも対応に手が回りません。会社は「承認制があるから問題ない」と考えていますが、ルールがあることと、ルールどおりに運用されていることは別の話です。

持ち帰り残業と休日・夜間の連絡

自宅でのメール対応や資料作成、休日のチャット返信が、勤務時間として把握されていないケースです。働いた時間が勤怠記録に残らないため、実態が見えにくくなります。

定時で打刻したあとの作業

勤怠は定時で打刻したものの、その後も職場で作業を続けているケースです。自己申告の時間とPCのログや入退室記録にずれがあると、客観的な記録のほうが実際の労働時間として扱われる可能性があります。

どのパターンにも共通しているのは、上司が残業の事実を知り得る状態にありながら、会社として何も手を打っていないことです。この「何もしていない」状態が、次の章で見る「黙示の指示」ととらえられる原因になります。

残業管理は管理職の対応が分かれ目

上司が残業を知りながら放置すると、後にトラブルへ発展する可能性があります。管理職として押さえておきたい労働時間管理や部下対応のポイントをまとめました。

管理職のための労働法ガイドブック

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「指示していない」が通らない理由、労働時間かどうかの判断基準

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なぜ「指示していない」という主張が通らないことがあるのか。労働時間の考え方と判例を確認します。

労働時間は実態で決まる

労働基準法上の労働時間は、就業規則や労働契約にどう書いてあるかにかかわらず、労働者が使用者の指揮命令下に置かれていた時間かどうかで、客観的に決まります。

三菱重工業長崎造船所事件(最高裁平成12年3月9日)は、造船所の作業員が行う始業前の準備行為や終業後の更衣などの時間が、労働時間にあたるかどうか争われた事案です。最高裁は、会社から義務づけられた準備行為や更衣について、社会通念上必要と認められる時間は、就業規則などでどう扱われていても、使用者の指揮命令下に置かれた時間として労働時間にあたると判断しました。

大星ビル管理事件(最高裁平成14年2月28日)は、ビル管理会社の従業員の仮眠時間が、労働時間にあたるかどうか争われた事案です。最高裁は、仮眠時間中も、警報や電話があれば直ちに対応することが義務づけられ、仮眠室での待機が求められていた場合は、実際に作業をしていなくても、労働からの解放が保障されているとはいえず、労働時間にあたると判断しました。

2つの判例に共通するのは、就業規則上の扱いや、実際に手を動かしていたかどうかを問わず、使用者の指揮命令下に置かれていたかという実態で判断している点です。厚生労働省の「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」(平成29年1月策定)も、使用者の明示または黙示の指示により労働者が業務に従事する時間は、労働時間にあたるとしています。

黙示の指示とは何か

「黙示の指示」とは、明確な命令がなくても、会社側が残業の事実を認識しながら黙認・許容している状態を指します。この場合は使用者の関与があるとされ、労働時間にあたると考えられています。一方で、使用者が知らないまま労働者が勝手に働いた時間まで労働時間として扱うのは適切でない、という考えもあります。使用者の関与、つまり認識と許容の有無が分かれ目になります。ここでいう会社側には、経営者だけでなく、事業主のために労働者の管理を行う現場の上司も含まれます。上司が残業を知りながら止めなかった場合も、会社側が黙認したものとして扱われやすくなります。

東京都多摩教育事務所(超過勤務手当)事件(東京高裁平成22年7月28日)は、都の職員が、勤務時間外に行った業務の超過勤務手当を求めた事案です。この職員は、正規の勤務時間内には終わらない量の業務を担当していました。上司は、職員が時間外に働いていることを日ごろから目にし、実績も把握したうえで、止めずに認めていました。裁判所は、超過勤務を命じる明示の指示がなくても使用者の指揮命令下にあったとして、その時間を労働時間と認めました。

判例から見る「黙示の指示」

黙示の指示が認められた例を、もう一つ見てみます。京都銀行事件(大阪高裁平成13年6月28日)は、銀行の元従業員が、始業前の準備作業や朝礼、終業後の残業について、時間外勤務手当と付加金を請求した事案です。一審は請求を退けましたが、控訴審は昼の休憩時間を除いて労働時間性を認め、始業前と終業後の勤務を黙示の指示による労働時間と評価しました。始業前や終業後にも多くの行員が勤務することが当たり前の状況だったことが、判断に影響したとされています。

禁止や承認制があっても安心できない場合

残業を明示的に禁止するなど、会社が明確な措置をとっていたとします。それに反して労働者が自発的に残業し、会社側もそれを認識も許容もしていない場合は、使用者の関与を欠くと考えられます。禁止の明示は、会社側を守る根拠になりえます。ただし、禁止を掲げていても、上司が残業の事実を知りながら何もしなければ、実態として認識や許容があったと評価される余地が出てきます。

承認制についても同様で、制度があるだけでは安心できません。クロスインデックス事件(東京地裁平成30年3月28日)は、残業を事前に申請して承認を受ける制度のある会社で、従業員が申請をしないまま残業を続けていた事案です。会社が与えていた業務量は所定の労働時間内に終えるのが難しいもので、代表者自身も、従業員が残業している事実を知っていました。裁判所は、こうした事情から、黙示の指示による就業として労働時間にあたると判断しました。

ルールだけでは運用は定着しない

残業申請ルールや承認フローを整えていても、現場で適切に運用されなければリスクは解消しません。管理職が実務の中でどのように組織運営を行うかも重要なポイントです。

関連資料:組織改革を成功させるカギは管理職に?管理職を変革推進者に変える5つのポイント

労働時間と認められない場合

もっとも、残業の事実があれば常に労働時間になるわけではありません。実態によっては、労働時間と認められなかった例もあります。

ルーチェ事件(東京地裁令和2年9月17日)では、美容師が練習会に参加していた時間が問題になりました。裁判所は、練習会は自主的に技術を磨く場としての色合いが強く、会社の指揮命令下にあったとはいえないとして、労働時間性を認めませんでした。

医療法人社団明芳会(R病院)事件(東京地裁平成26年3月26日)は、病院の理学療法士が学術大会の準備を自宅に持ち帰って進めていた件で、その作業が業務にあたるかが争われた事案です。裁判所は、準備に業務としての側面があることは認めました。しかし、病院は発表内容に一定以上の水準を求めておらず、自宅に持ち帰らなければ終わらない作業とも認められないとして、病院の黙示の業務命令による作業とは判断しませんでした。

ここまでの判例を見ると、労働時間にあたるかどうかは、事案ごとの実態によって結論が分かれています。

記録から推認される労働時間

残業代の請求では、実際に何時間働いたのかが問題になり、その手がかりになるのが各種の記録です。タイムカードやICカードのように客観的な打刻が残っていれば、特段の事情がない限り、それをもとに労働時間が推認されるとされています。こうした打刻がない場合でも、入退室の記録、PCのログイン・ログアウトの時刻、メールやチャットの送信履歴、業務日報、手帳やメモの記載などから、働いていた時間が推認されることがあります。

ガイドラインは、使用者に労働時間の適正な把握を求めています。自己申告の時間と入退室記録やPCの使用時間との間に著しい差がある場合は、実態を調べて労働時間を補正するよう求めています。

リスク・落とし穴

リスク・落とし穴

放置が長引くと、次のようなリスクが積み重なります。

未払い残業代の請求

労働時間にあたる残業には、割増賃金の支払い義務があります。賃金請求権の消滅時効は、現在のところ当分の間3年とされています。裁判では、未払い額と同額までの付加金の支払いを命じられることもあり、その請求期間も当分の間3年です。放置してきた期間が長いほど、さかのぼって支払う金額は大きくなります。

固定残業代があっても残る支払い義務

「固定残業代を払っているから、残業は問題ない」と考えている会社もあります。固定残業代は、一定時間分の時間外労働などに対する割増賃金を、定額で支払う仕組みです。対応する時間を超えて働いた分は、差額を別に支払わなければならず、支払わなければ賃金不払いになります。勝手な残業であっても、黙示の指示で労働時間とされれば、固定残業代の時間を超えた分は精算が必要です。

制度そのものが有効と認められるためにも、通常の賃金にあたる部分と割増賃金にあたる部分が判別できることなどが求められます(高知県観光事件・最高裁平成6年6月13日、テックジャパン事件・最高裁平成24年3月8日)。なお、固定残業代は賃金の支払い方の仕組みであり、残業時間そのものの上限には影響しません。

36協定の上限超え

会社側が把握していないうちに残業が積み重なり、時間外労働の上限規制を超えるおそれがあります。社員が勝手に行っていた残業でも、労働時間と認められれば上限規制の対象になります。36協定で定めた時間を超えて働かせれば法違反となり、罰則の対象になります。

労働基準監督署の調査での指摘

労働基準監督署の調査では、勤怠の記録とPCのログや入退室記録のずれが、賃金不払残業を疑われるきっかけになります。申告のなかった残業時間について割増賃金を支払わなかったとして、鉄道事業者と同社の担当課長ら2人が労働基準法違反の疑いで書類送検された事例も報じられています。背景には、会社が残業時間を一定の範囲に収めるよう指示していたことがあり、社員が超過分の申告を控えていたとみられています。

長時間労働による健康面のリスク

上司が把握できていない残業が積み重なり、気づいたときには過重な長時間労働になっていることがあります。労働者の健康に影響が出れば、会社の安全配慮義務が問われます。労働安全衛生法では、長時間労働者への面接指導を行うため、タイムカードやPCの使用時間の記録などの客観的な方法で労働時間の状況を把握することが、事業者に義務づけられています。

不公平感の広がりと上司への負担集中

残業管理が属人的になり、残業を注意される人と黙認される人が混在すると、職場に不公平感が広がります。部署や上司によって運用が異なると受け止められれば、ルールへの納得感も損なわれます。

残業管理が現場任せになっていると、問題が発生した際に上司個人の責任に帰されやすくなります。上司が一人で抱え込まないよう、会社として対応を決めておく必要があります。

運用のヒント

運用のヒント

リスクを抑えるために、会社として次のような運用を整えておくと安心です。

残業の申請・承認ルールの目的の周知と明文化

承認制の目的は、残業の必要性を把握し、業務量を調整することにあります。この目的を社員と管理職に説明し、理解を得たうえで、申請の方法や承認者を就業規則や社内ルールに明記します。

認めない残業に対する禁止と退勤の明確な指示

残業を認めない場合は、はっきり伝えます。気づいた時点で声をかけ、メールやチャットなど記録に残る形で伝えておくと、会社が禁止していた事実を示せます。

業務量と期限の見直し

勝手な残業の背景には、所定時間内に終えにくい業務量や、厳しい期限設定があることが少なくありません。そのような場合、ただ残業を禁止するだけでは、隠れ残業や持ち帰り残業を誘発しかねません。残業が多い部署・社員については、業務量と期限を確認し、必要に応じて人員の応援や業務分担を検討します。

残業問題は「勤怠管理」だけの課題ではない

未払い残業や黙示の指示のリスクが発生する背景には、人員不足や採用難による業務過多が潜んでいることもあります。勤怠管理の見直しと同時に、人材確保や外部リソース活用を検討することで、現場負荷を平準化する方法もあります。

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記録と申告時間の突き合わせ

PCログや入退室記録と勤怠の記録を定期的に照らし合わせ、ずれがあれば該当の社員に事情を聞きます。話を聞くと、申告しにくい事情や業務の偏りも見えてきます。

事後でも申告できる窓口

申請を忘れた残業や、やむを得ず事後になった残業を、後から申告できる窓口を設けます。労働時間にあたる時間は支払う前提で運用し、申告をためらわせないようにします。

管理職への周知と声かけの定着

気づいていながら黙認すると、黙示の指示と評価される可能性があることを、管理職と共有します。人事が声かけの基準や対応例を用意しておくと、管理職の心理的な負担を軽くできます。

固定残業代制度がある場合の時間数と実績の確認

固定残業代を導入している場合は、対応する時間数と金額、超過分は別に支払うことを、雇用契約書や就業規則に明記しておきます。そのうえで、毎月の実際の残業時間を固定の時間数と照らし合わせ、超えた月は差額を精算します。勝手な残業が固定の時間数を超えていないかを確認するうえでも、記録の突き合わせが欠かせません。

伝える側として考慮しておきたいこと

ルール違反や運用上の課題への対応は、内容だけでなく伝え方も重要です。

社員へネガティブな事案を伝えないといけない場合の注意点を整理した人事担当者向けの資料です。

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まとめ

労働時間にあたるかどうかを左右するのは、会社側が残業を知っていながら止めなかったかどうかです。「業務を指示していない」という事実だけでは、請求を断る根拠になるとは限りません。

放置は、黙認とみなされることがあります。禁止の明示、承認ルールの運用、記録の突き合わせを事前に整えておけば、リスクを抑えられます。固定残業代を導入している会社も、超過分の精算と制度の有効性をあらためて確認しておく必要があります。

業務量の調整や上司の声かけまで含めて、残業の運用を一度見直してみてはいかがでしょうか。

著者プロフィール

土田真吾 (チューンズ社会保険労務士事務所 代表)

土田真吾 (チューンズ社会保険労務士事務所 代表)

特定社会保険労務士(企業勤務)、キャリアコンサルタント(国家資格)、チューンズ社会保険労務士事務所 代表

学習塾を母体とする総合教育会社にて講師として勤務したのちに人事部へ異動。その後、人事の専門性を追求するため転職を重ねる。通常の人事業務に加え、人事制度企画や労務管理全般等、様々な業務経験を積む。現在は金融機関にて人事制度企画や法改正対応等に従事。2024年11月「チューンズ社会保険労務士事務所」を副業開業。現役人事担当者の強みを活かし「経営者・人事部・社員の気持ちがわかる社労士」として活動中。